Bargota es un pueblo, de trazado irregular y bien cuidado. En el núcleo urbano encontramos edificios blasonados, entre los que hay que destaca Casa Linterna y el edificio del Ayuntamiento. Dentro de su término se encuentra el yacimiento protohistórico de El Castejón, con las primeras huellas de presencia humana, de cultura celta.
Durante la Edad Media, las guerras entre Navarra y Castilla hicieron que Bargota perdiera su condición de municipio independiente. En 1219, con el objetivo de fortalecer la frontera con el Reino de Navarra, Sancho VII «el Fuerte» agregó a Viana a todos los pueblos del entorno, entre los cuales estaba Bargota. Los únicos que no cumplieron esta Real Orden fueron Bargota y Aras.
A lo largo de la historia, la localidad solicitó en varias ocasiones su emancipación administrativa y eclesiástica de Viana, pero ésta se negaba apoyándose en el derecho histórico derivado de la disposición de Sancho VII el Fuerte. Bargota, por fin, lo consiguió en 1818, año en que se convirtió de nuevo en municipio independiente.
Tuvo monasterio de origen templario, pero en 1724, desde las Cortes de Navarra decidieron su demolición porque servía de asilo a los malhechores.
Se sabe que la pradera junto a la Ermita de la Virgen del Poyo fue lugar en el que se realizaba el intercambio de prisioneros durante la Primera Guerra Carlista. Los prisioneros procedían de la cárcel liberal de Logroño y de la carlista en Estella.
Esta localidad ha dado a la brujería navarra uno de sus personajes más interesantes, Johanes, el Brujo de Bargota. Hombre ilustrado, Johanes estudió en Salamanca y aprendió allí técnicas de prestidigitación que luego exhibía ante sus vecinos. Gracias a ellas se le atribuyeron poderes mágicos: se decía que el Brujo era capaz de quitarse la cabeza o distintos miembros del cuerpo cuando le convenía, o que era capaz de trasladarse a través de las nubes. La leyenda también le atribuye el haber ayudado al bandido Juan Lobo a convertirse en gato para huir de la justicia.
