Durante la Edad Media el municipio fue poblado por vascones y en el siglo XII, en los mercados de Arlanzón pidieron al rey castellano hablar en euskera. Su nombre, en el Poema de Mio Cid, es «Arlançón».
Villa del partido Juarros, en la categoría de pueblos solos, uno de los catorce que formaban la Intendencia de Burgos durante el periodo comprendido entre 1785 y 1833, tal como se recoge en el Censo de Floridablanca de 1787. Tenía jurisdicción de abadengo siendo su titular el Monasterio de las Huelgas cuya abadesa nombraba alcalde ordinario. También se encontraba en su término municipal la abadía de Foncea o Froncea, hasta su abandono y ruina con las desamortizaciones.
Durante la Guerra de Independencia, algunos de sus vecinos tuvieron un papel activo. El 4 de abril de 1813, Benito Aedo, natural de Galarde y soldado del 4.º Batallón de Iberia, muere en la cercana villa riojana de Valgañón, lugar de la retaguardia donde este batallón hostigaba a las fuerzas napoleónicas en su retirada de Burgos a Vitoria. Gracias a los libros de parroquiales de dicho pueblo sabemos que está enterrado en la iglesia parroquial de Tresfuentes, en la sepultura.
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